Martin Schmidt recibió su formación musical en los conservatorios superiores de Freiburg y Frankfurt am Main (Alemania) estudiando las materias de pedagogía musical, música litúrgica y dirección de orquesta y coral. Impulsos esenciales para su formación musical, los recibió durante cursos complementarios con Sergiu Celibidache, Eric Ericson y Nikolaus Harnoncourt.

Además de su dirección de diversos coros, Martin Schmidt llamó la atención sobre todo con el coro y la orquesta de cámara de Essen-Werden, fundados por él en 1979, dando conciertos en Alemania y en el extranjero. El vasto repertorio de ese con-junto comprende obras a cappella como también de oratorios de casi todos los géneros y estilos, desde el renacimiento hasta la época actual. Desde 1991 hasta 1994 dirigió el Coro de la ciudad de Bochum y desde 1993 hasta 2010 el Neuer Basler Kammerchor.

Empezó su actividad pedagógica en 1977 como profesor encargado de dirección coral en el Conservatorio Superior de Friburgo. El año siguiente fue nombrado profesor del conservatorio superior Folkwang de Essen. Desde 1981 es profesor de dirección coral en el Conservatorio Superior del Estado de Karlsruhe y director de los coros universitarios.

Giras de conciertos, estancias como director invitado e invitaciones a festivales internacionales le han llevado a numerosos países de Europa y ultramar.

En España, Martin Schmidt imparte cursos de dirección desde hace muchos años, como por ejemplo regularmente en el Festival de Música Antigua de Daroca, y ha dado conciertos como director invitado con el Orfeó Català de Barcelona y el Coro de la Comunidad de Madrid, entre otros.